Course
Bioinformatyka Sekwencji Biologicznych 1 (1 rok Bioinformatyki)Teaching method
- Lectures (20 h) [MsTeams]
- Labs (45 h) [MsTeams]
Teacher
- prof. dr hab. Wojciech Karlowski
- wmk@amu.edu.pl
- dr Maciej Szymański
- mszyman@amu.edu.pl
- dr Andrzej Zielezinski
- andrzejz@amu.edu.pl
E-learning
- Dyżur on-line (MsTeams: wkarlowski@amu.edu.pl)
- środa (11:15-11:45)
- Dyżur on-line (MsTeams: andrzej.zielezinski@amu.edu.pl)
- czwartek (11:15-15:00)
- Dyżur on-line (MsTeams: mszyman@.amu.edu.pl)
- środa (13:00-18:00)
Lectures Godzina: 9:45, MsTeams
| # | Date | Lecture | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 03.03.2021 | Wykład 1 | Wprowadzenie do sekwencji biologicznych |
| 02 | 10.03.2021 | Wykład 2 | Bazy danych |
| 03 | 17.03.2021 | Wykład 3 | Formaty rekordów sekwencji |
| 04 | 24.03.2021 | Wykład 4 | Przyrównanie dwóch sekwencji |
| 05 | 31.03.2021 | Wykład 5 | Analiza wielu sekwencji |
| 06 | 07.04.2021 | Wykład 6 | Analizy ewolucyjne |
| 07 | 14.04.2021 | Wykład 7 | Adnotacje sekwencji genomowych |
| 08 | 21.04.2021 | Wykład 8 | Analiza danych NGS |
| 09 | 28.04.2021 | Wykład 9 | Struktury kwasów nukleinowych |
| 10 | 05.05.2021 | Wykład 10 | Adnotacja funkcjonalna sekwencji |
Labs MsTeams (godz. 9:00-11:15)
| # | Date | Topic | Lab |
|---|---|---|---|
| 01 | 04.03.2021 | Bazy danych NCBI i ENA | - |
| 02 | 11.03.2021 | Bazy danych UniProt, Ensembl/BioMart i PubMed | - |
| 03 | 18.03.2021 | Formaty zapisu sekwencji | - |
| 04 | 25.03.2021 | Przyrównanie sekwencji (Dotplot, Needle, Water) | - |
| 05 | 08.04.2021 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) | - |
| 06 | 15.04.2021 | PSI-BLAST, Przyrównanie wielu sekwencji | - |
| 07 | 22.04.2021 | Adnotacje genomowe | - |
| 08 | 29.04.2021 | Przeglądarki genomowe | - |
| 09 | 06.05.2021 | Analiza danych NGS | - |
| 10 | 19.05.2021 | Adnotacja funkcjonalna sekwencji | - |
| 11 | 26.05.2021 | Analiza strukturalna RNA | - |
| 12 | 02.05.2021 | Filogenetyka | - |
| 13 | 09.06.2021 | Zadanie projektowe | - |
| 14 | 16.06.2021 | Kolokwium | - |