Course

Bioinformatyka (1 rok Bioinformatyki)

Teaching method

  • Lectures (30 h)
  • Labs (45 h)

Teacher

prof. dr hab. Wojciech Karlowski
wmk@amu.edu.pl
dr Andrzej Zielezinski
andrzejz@amu.edu.pl
dr Maciej Szymański
mszyman@amu.edu.pl

Lectures wtorek, godz: 11:30-13:00

# Date Lecture Topic
01 01.03.2022 Wykład 1 Wprowadzenie; bazy danych NCBI i ENA
02 08.03.2022 Wykład 2 UniProt, PubMed i E-utilities
03 15.03.2022 Wykład 3 Formaty rekordów sekwencji
04 22.03.2022 Wykład 4 Bioontologie
05 29.03.2022 Wykład 5 Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot)
06 12.04.2022 Wykład 6 Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne)
07 19.04.2022 Wykład 7 Matryce podstawień
08 26.04.2022 Wykład 8 Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST)
09 10.05.2022 Wykład 9 Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA)
10 17.05.2022 Wykład 10 Analiza danych NGS
11 24.05.2022 Wykład 11 Adnotacja genomowa
12 31.05.2022 Wykład 12 Przeglądarki genomowe
13 07.06.2022 Wykład 13 Analiza filogenetyczna
14 14.06.2022 Wykład 14 Porównywanie sekwencji 'alignment-free'

Labs poniedziałek

# Date Topic Lab
01 28.02.2022 Linux - podstawowe polecenia lab01
02 07.03.2022 Wyszukiwanie rekordów: NCBI i ENA lab02
03 14.03.2022 Wyszukiwanie rekodów: PubMed i E-utilities lab03
04 21.03.2022 Formaty rekordów sekwencji lab04
05 28.03.2022 UniProt i bioontologie lab05
06 11.04.2022 Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) lab06
07 25.04.2022 Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) lab07
08 09.05.2022 Matryce podstawień lab08
09 16.05.2022 Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) lab09
10 23.05.2022 Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) lab10
11 30.05.2022 Adnotacja genomu i analiza funkcjonalna lab11
12 06.06.2022 Przeglądarki genomowe lab12
13 13.06.2022 Analiza filogenetyczna lab13
14 20.06.2022 Zaliczenie ćwiczeń -