Course
Bioinformatyka (1 rok Bioinformatyki)Teaching method
- Lectures (30 h)
- Labs (45 h)
Teacher
- prof. dr hab. Wojciech Karlowski
- wmk@amu.edu.pl
- dr Piotr Kopeć
- piotr.kopec@amu.edu.pl
Lectures czwartek / wtorek, godz: 8:00-9:30, Sala B / C
| # | Date | Lecture | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 27.02.2025 | Wykład 1 | Wprowadzenie; bazy danych NCBI i ENA |
| 02 | 06.03.2025 | Wykład 2 | UniProt, PubMed i E-utilities |
| 03 | 13.03.2025 | Wykład 3 | Formaty rekordów sekwencji |
| 04 | 20.03.2025 | Wykład 4 | Bioontologie |
| 05 | 27.03.2025 | Wykład 5 | Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) |
| 06 | 03.04.2025 | Wykład 6 | Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) |
| 07 | 10.04.2025 | Wykład 7 | Matryce podstawień |
| 08 | 17.04.2025 | Wykład 8 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) |
| 09 | 08.05.2025 | Wykład 9 | Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) |
| 10 | 20.05.2025 | Wykład 10 | Analiza danych NGS |
| 11 | 27.05.2025 | Wykład 11 | Adnotacja genomowa |
| 12 | 03.06.2025 | Wykład 12 | Przeglądarki genomowe |
| 13 | 10.06.2025 | Wykład 13 | Analiza filogenetyczna |
| 14 | 17.06.2025 | Wykład 14 | Porównywanie sekwencji 'alignment-free' |
Labs sala S2
Zadania udostępnione są w serwisie GitHub.
| # | Date | Lab | Topic |
|---|---|---|---|
| 01 | 24.02.2025 | Ćwiczenia 1 | Linux - podstawowe polecenia |
| 02 | 03.03.2025 | Ćwiczenia 2 | Wyszukiwanie rekordów: NCBI i ENA |
| 03 | 10.03.2025 | Ćwiczenia 3 | Wyszukiwanie rekodów: PubMed i E-utilities |
| 04 | 17.03.2025 | Ćwiczenia 4 | Formaty rekordów sekwencji |
| 05 | 24.03.2025 | Ćwiczenia 5 | UniProt i bioontologie |
| 06 | 31.03.2025 | Ćwiczenia 6 | Porównywanie dwóch sekwencji (DotPlot) |
| 07 | 07.04.2025 | Ćwiczenia 7 | Przyrównywanie dwóch sekwencji (programowanie dynamiczne) |
| 08 | 14.04.2025 | Ćwiczenia 8 | Matryce podstawień |
| 09 | 28.04.2025 | Ćwiczenia 9 | Wyszukiwanie sekwencji podobnych (BLAST) |
| 10 | 05.05.2025 | Ćwiczenia 10 | Przyrównywanie wielu sekwencji (MSA) |
| 11 | 12.05.2025 | Ćwiczenia 11 | Adnotacja genomu i analiza funkcjonalna |
| 12 | 19.05.2025 | Ćwiczenia 12 | Przeglądarki genomowe |
| 13 | 26.05.2025 | Ćwiczenia 13 | Analiza filogenetyczna |
| 14 | 02.06.2025 | Ćwiczenia 14 | Zaliczenie ćwiczeń |